Patrones de restricción in silico para el estudio del gen pds en una microalga chlorophyta.

Abstract

El uso de herramientas bioinformáticas abarca estudios moleculares que involucra genes de interés tanto biotecnológico como económico. En este trabajo se utilizó el programa bioinformático NEBcutter 2.0 para obtener el mapa de restricción modelado in silico del gen Fitoeno Desaturasa (pds) a partir de una secuencia previamente descrita y accesible en el GenBank (X86783.1), para predecir el tamaño de los fragmentos revelados por las enzimas que escinden la secuencia, a través de la selección de enzimas de restricción que produzcan fragmentos de aproximadamente 1500 pb. Para escindir el ADN genómico de la microalga chlorophyta 015, se usó la mezcla de las enzimas RsaI + EcoRI, PstI + EcoRI y PstI + XhoI, indicando que los patrones generados in silico para el gen pds, pueden ser reproducidos y comprobados adecuadamente de forma experimental en el laboratorio. Se llevó a cabo la reacción en cadena de la polimerasa para asegurar la presencia del gen pds, revelando un fragmento de aproximadamente 1000 pb. Se obtuvo el mapa de restricción in silico del gen a través del programa NEBcutter 2.0 y el producto amplificado fue digerido con las enzimas RsaI y DraI corroborando los patrones de restricción generando un patrón claramente distinguible a partir de los amplicones. Los programas bioinformáticos son herramientas muy versátiles y didácticas que efectivamente, permitieron predecir los mapas de restricción para el gen pds, previo a su obtención en el laboratorio.