Evaluación de tres protocolos de extracción de ADN total en Nitzschia SP. Y Cymbella SP

Abstract

La extracción de ADN constituye una etapa fundamental para la aplicación de técnicas moleculares. Sin embargo, los protocolos existentes no son universales ya que cada organismo plantea desafíos únicos. En particular, las diatomeas tienen una pared rígida de sílice y una gran variedad de metabolitos, lo cuales dificultan la obtención de material genético de calidad. La presente investigación se realizó en las instalaciones del Centro de Investigaciones Biotecnológicas de la UPSE y tiene como objetivo evaluar tres protocolos de extracción de ADN total en Nitzschia sp. y Cymbella sp. para la selección de un método eficiente. El primer protocolo se basó en la sal NaCl, el segundo en CTAB y el tercero en SDS - Proteinasa K. Cada uno de estos protocolos se aplicó a la biomasa seca y húmeda de las dos especies ya mencionadas. Los parámetros analizados incluyeron la concentración, pureza e integridad del ADN, además se consideraron los costos y el tiempo empleado por cada protocolo. La mayor concentración de ADN se obtuvo de la biomasa seca con los protocolos NaCl (𝑀𝑒𝐶𝑦𝑚: 2083.45 ngµl y 𝑀𝑒 𝑁𝑖𝑡𝑧: 433.05ngµl) y CTAB (𝑀𝑒𝐶𝑦𝑚: 923.40ngµl y 𝑀𝑒𝑁𝑖𝑡𝑧: 317.65ngµl) para ambas especies. Por otro lado, en pureza Nitzschia sp. no presentó diferencias significativas en la relación A260/280, pero Cymbella sp. sí presentó diferencias, destacando el protocolo CTAB con una mediana de 2.02. Respecto a la relación tiempo y costo, el protocolo menos eficiente fue el SDS-PK. Por lo tanto, se concluye que el protocolo más eficiente es el CTAB, seguido de NaCl y por último SDS-PK.