Modelamiento in silico de la proteína fluorescente GFP activada post blanqueamiento en el género Acropora.

Abstract

En nuestro país son escasos los estudios bioinformáticos dedicados a la descripción funcional de proteínas de interés en procesos ecológicos importantes para el equilibrio ecosistémico. El presente estudio fue esencialmente una revisión bibliográfica de carácter aplicativo donde caracterizamos la proteína fluorescente GFP mediante simulación de distintos software bioinformáticos dada su activación organismos del género Acropora obteniendo así mayor entendimiento del fenómeno fluorescente. Los estudios moleculares basados en modelamientos in silico pueden acercarnos a resultados reales esperados en experimentaciones in vivo al simular con gran exactitud diversos mecanismos moleculares a celulares de señalización biológica. En este estudio se obtuvo la secuencia codificante para la proteína GFP en el género Acropora desde el GenBank, así como la similitud y cobertura de la misma por medio de la herramienta BLAST. El análisis de aminoácidos se realizó en BioEdit, para su modelamiento se ingresó dicha secuencia en el servidor Swiss Model obteniendo una estructura en 3D que fue analizada en el software RasWin. A partir del análisis bibliográfico adicional a la información recabada con los softwares bioinformáticos se realizó una cascada de señalización biológica de los mecanismos llevados a cabo en el organismo incidentes para la activación de la proteína. Identificamos una alta similitud entre los organismos seleccionados para alineamiento y cobertura con relación directa al único dominio de fluorescencia presentado en la proteína GFP que representa un 90% de su secuencia de aminoácidos. El modelamiento arrojó datos de identidad secuencial de 97,05%, con una resolución de 1,80 Å, GMQE de 0.95 y QMEANDisCo de 0.91; indicios de alta calidad y confianza del modelo. A partir de su estructura en la cascada de señalización biológica se logró comparar lo descrito por varios autores donde dicho fenómeno activa su función fotoprotectora y antioxidante suplementario siendo un indicador clave del estrés oxidativo desencadenado a nivel molecular en los tejidos del organismo por alteraciones en los rangos aceptables de las condiciones físico – químicas de su medio circundante.