Resumen:
La filogenia molecular es una herramienta que permite la diferenciación de especies a través de la comparación fragmentos o genomas completos de individuos y poblaciones, cuyas características morfológicas no permiten una clasificación taxonómica consistente basada únicamente en sus fenotipos. En el presente estudio se infiere las relaciones filogenéticas de dos poblaciones de la especie Striostrea prismatica en la provincia de Santa Elena Ayangue y Salinas, Ecuador empleando aproximaciones de máxima probabilidad e inferencia bayesiana mediante la secuenciación de los genes mitocondriales citocromo oxidasa subunidad I COX1 y 16S rRNA, con el fin de estimar su distribución y estado poblacional. Se obtuvieron 94 individuos de manera comercial 47 por localidad, los amplicones de COX1 n=94 y 16S rRNA n=11 fueron generados con cebadores específicos de la especie. Los modelos evolutivos fueron estimados con JmodelTest y los análisis filogenéticos se efectuaron en PAUP y MrBayes. La estructura poblacional fue evaluada con los paquetes ape y pegas (R) mediante un análisis de varianza molecular. Los resultados agruparon a los individuos en dos haplogrupos presentes en ambas poblaciones, sin una estructura poblacional definida (p<0.01). Los haplotipos son semejantes a aquellos descritos en la bibliografía, siendo el primero cercano a individuos estudiados en las costas de California y el segundo en Panamá. Finalmente, la topología de árboles consolida la ubicación de Striostrea prismatica como un grupo parafilético dentro de la familia Ostreidae, reforzando la creación de la subfamilia Striostreinae referida por primera vez en 1985 por Harry.
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